1、兩者包庇的對象不完全相同。前者僅指“犯罪的人”；后者則為“當事人”，既包括刑事案件的自訴人、被告人、被害人、也包括民事、行政案件的原告、被告、第三人，范圍更寬；
2、客觀方面的表現(xiàn)形式不完全相同。前者表現(xiàn)為犯罪人提供隱蔽處所、財物，幫助其逃逸或者作假證明的行為；后者表現(xiàn)為幫助當事人毀滅證據(jù)或者偽造證據(jù)，且情節(jié)嚴重的行為。
3、社會危害程度不同。實施包庇罪的行為人一般系在公安司法機關(guān)未偵破案件、未發(fā)現(xiàn)、未確定犯罪嫌疑人、被告人的情況下，向公安司法機關(guān)作假證明，擾亂司法工作的正常進行，可能導致錯失案件的偵破時機，擾亂偵查方向，影響證據(jù)的收集，可能使犯罪分子，繼續(xù)危害社會，無辜者遭受不白之冤，社會危害程度與僅僅針對證據(jù)實施的毀滅、偽造行為更為嚴重，因此刑法規(guī)定了較重的法定刑。如果行為人同樣是采取幫助當事人(被告人)毀滅證據(jù)，在這種情況下，區(qū)分兩罪的關(guān)鍵，就在于行為人是否向司法機關(guān)作假證明。即如果行為人幫助隱匿、毀滅、偽造證據(jù)，并且作假證明包庇被告人、犯罪嫌疑人的，則構(gòu)成包庇罪；如果行為人以毀滅、偽造證據(jù)方式幫助被告人、犯罪嫌疑人逃避法律追究，情節(jié)嚴重的，但沒有向司法機關(guān)作假證明，則構(gòu)成幫助毀滅證據(jù)罪。
