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種皮來自于珠被（母本），隨種子的成熟，胚珠的珠被經(jīng)不同程度的變化而形成，雖然多少有例外，但裸子植物和被子植物合瓣花類是由一層構(gòu)成的，離瓣花類和單子葉植物是由二層構(gòu)成的。由二層構(gòu)成的種皮，特分為內(nèi)種皮和外種皮。

種皮結(jié)構(gòu)的多樣性是由珠被的數(shù)目和厚度、細(xì)胞的厚壁化、機(jī)械細(xì)胞的分布、色素和有機(jī)物的沉積、細(xì)胞的退化消失、表皮細(xì)胞的特化等組合原因而形成的。

傘形科和菊科的珠被細(xì)胞內(nèi)含物減少，種皮成為薄膜狀。在百蕊草、玉米中看不到種皮。如臭松屬珠被和胚乳都消失，也看不到種皮的發(fā)育，幼胚直接由子房壁被覆，棉、柳的種皮表皮細(xì)胞細(xì)長(zhǎng)延伸成為纖維細(xì)胞。